Выбор процессора я бы посоветовал остановить не на топовых моделях, а на качественном решении средней ценовой категории, например Intel Core™ i7 860 (2.80GHz, 8Mb) (http://www.justcom.ru/goods_pop/164241/?t=1261594160). Если вы сторонник AMD, тогда неплохим вариантом будет AMD Phenom™ II X4 965 (http://www.justcom.ru/goods_pop/164900/?t=1261594420).
Видеокарты можно предложить 3:
Radeon HD 5850 с 1Гб локальной памяти (http://www.justcom.ru/goods/165516/), либо Radeon HD 5770 (http://www.justcom.ru/cats/3/22354/), а также хорошим выбором будет GeForce GTX 285 (http://www.justcom.ru/cats/3/21938/).
Когда определитесь с выбором этих комплектующих, можно будет подобрать совместимую оперативную память и материнскую плату. Может есть какие-либо особые пожелания или ценовые рамки?

Если хотите максимальной отдачи от ПК - собирать нужно самостоятельно, докупая комплектующие по одному.
Если не хотите возиться долго - можно взять комплект материнская плата + процессор + ОЗУ + ЖД в одном магазине и докупить отдельно видеокарту. Если нужны готовые конфигурации до 40т.р. - могу также предложить на выбор.

Royalx
Цены на Феномы сейчас сильно упали, поэтому ничего сверхестественного не вижу.

Вариант 1 (игровой):
Компьютер IRU Brava Home 124W Intel Core2 Duo E8500 3.16ГГц DDR2 4096 Мб, nVIDIA GeForce 9800 GT 512 Мб, SATA 500 Гб
(http://lumes.ru/shop/UID_20204.html)
Вариант 2 (мощный игровой):
ACER Aspire Z5610 Intel Core2 Duo E7500 2.93ГГц DDR3 3072 Мб, ATI Radeon HD 4570 512 Мб
(http://lumes.ru/shop/UID_20767.html)
Вариант 3:
ACER Aspire Z5610 Intel Core2 Quad Q8200 2.33ГГц DDR3 4096 Мб, ATI Radeon HD 4670 1024 Мб
(http://lumes.ru/shop/UID_20768.html)

Цены можно увидеть на страницах, ссылки на которые я дал. Это средняя ценовая категория в диапазоне до 45 т.р.

1 вариант мощнее только в плане процессора. 2-й же имеет более быструю DDR3 память и более современную видеокарту.
Сборка компьютера не сложна в принципе, но существуют некоторые нюансы (например правильное подключение питания комплектующих и материнской платы), которые лучше доверить сведущим людям.
На счёт 2-го вопроса: эта "коробка" называется системным блоком. Отличаются системники в основном по размерам, типу и дизайну. Никаких особых аспектов для "внедрения" в любой из системных блоков конкретных комплектующих нет - однако лучше брать с "запасом" на будущее, учитывая растущие размеры тех же современных видеоплат (достигающих 30-35 см в длину). В маленький системник крупная и длинная видеокарта может просто не войти.
Вопрос 3.
Самостоятельная сборка далеко не всегда уменьшает расходы, поскольку чаще всего по-отдельности комплектующие дороже, чем в готовой сборке. Единственный плюс сборки ПК своими руками - всегда знаешь, что ставишь Это позволяет быть уверенным в том, что "кота в мешке" не подкинули..
Подобрать комплектующие можно только одним способом - внимательно изучать спецификации. Именно в них сказывается совместимое оборудование, важные разъемы и другая полезная информация.
На счёт слуха - он не совсем точен. Здесь очевидно значение DirectX, разные версии которого и не дают работать старым видеокартам с самыми новыми играми.

Разные модели процессоров на одинаковой частоте работают с разной скоростью. Старые процессоры, вроде Pentium 4, обрабатывали одну операцию за такт, тогда как современные Core 2 Duo и Core i7/i5/i3 обрабатывают сразу несколько операций за тот же такт. Для примера возьмем любой процессор, выполняющий одну операцию за такт с частотой в 4 Ггц и другой процессор, работающий на частоте 2 Ггц, но выполняющий 2 операции за такт - работать оба будут примерно с одинаковой скоростью. Поэтому тактовая частота - фактор не определяющий и смотреть на неё нужно в последнюю очередь.
P.s ссылку дам на днях.

FAQ: как правильно выбирать комплектующие..