К владельцам современных компьютеров статья не относится, можете почитать только в качестве интереса.

А вот владельцам машин, выпущенных ранее 2004 года, стоит задуматься. Всё зависит от цели использования компьютера и количества оперативной памяти (ОЗУ). Учтите, что NTFS работает несколько медленнее, чем FAT32, потому как использует собственную новую систему безопасности и дополнительных сервисов, загружаемых в память. Если у вас достаточно мало оперативной памяти (до 128Мб), но при этом стоит XP, я бы не советовал переходить на NTFS, если памяти больше - можно ставить.

Теперь просто взвесьте, что стоит предпочесть.
FAT32 требует меньше памяти и быстрее работает, есть возможность доступа к винчестеру при загрузке с загрузочног диска.
NTFS - преимущество в основном одно, но очень большое: сохранение структуры и её безопасность в случае сбоев. (Например таких, что в любом приложении случайно перезагрузился компьютер - у старой файловой системы в обычном порядке что-нибудь бы полетело, начиная от запущенной при этом программы и заканчивая всей ОС). Так что это существенный плюс NTFS. Кроме того, система имеет возможность шифрования данных.

Что выбрать, скорость или надежность - зависит только от Вас.